Laëtitia Cardona soutiendra sa thèse le 27 mai 2020. Son travail est intitulé « Faire progresser les biotechnologies environnementales par le biais d'approches d'écologie moléculaire : de la description à la gestion ». L’objectif principal de Laëtitia était de comprendre le lien entre les performances de dégradation de digesteurs anaérobies soumis à divers types de perturbations et l’activité de la communauté microbienne. Pour ce faire, Laëtitia a mis en place des expérimentations dans différents digesteurs de laboratoire et a réalisé un suivi physico-chimique et microbiologique des digesteurs pendant plusieurs mois. Parmi ces analyses, les méthodes « omiques », innovantes et à haut-débit ont été utilisées afin de caractériser précisément les évolutions de l’activité microbienne et des interactions entre les microorganismes (séquençage, métabolomique). Pour réaliser ces analyses, Laëtitia a bénéficié du soutien du pôle analytique et du pôle expérimentation de l’unité PROSE. Diverses collaborations ont également été initiées. Par exemple, des analyses métabolomiques ont été réalisées à l’aide d’un spectromètre de masse de très haute résolution, le FT-ICR, au laboratoire de Chimie Moléculaire de l’Ecole polytechnique. L’analyse des données générées par les méthodes omiques a été approfondie grâce à une collaboration avec le Dr Kim-Anh Lê Cao, développeur du package R mixOmics, à l’Université de Melbourne où Laëtitia a eu l’opportunité de réaliser deux séjours de plusieurs semaines. « Ces séjours m’ont permis d’identifier, de développer et d’optimiser les méthodes statistiques à utiliser pour traiter mes données. » rapporte Laëtitia. « Ils ont été essentiels pour mener à bien mon travail et interpréter les multiples tableaux de données obtenus. Nous avons pu réaliser un traitement des données sur mesure !».

Pour en savoir plus sur les approches originales menées par Laëtitia pour optimiser la digestion anaérobie, rendez-vous le 27 mai prochain !

Laëtitia est inscrite à l’école doctorale ABIES et son travail a été encadré par Olivier Chapleur et Laurent Mazéas. La thèse est intégrée au projet ANR DIGESTOMIC.

Informations pratiques

Soutenance en visio-conférence, lien à venir ici, le 27 mai 2020 à 14h00