Cédric Midoux

Parcours scientifique

• 2014 – 2016 : I2BC – Université Paris Saclay ; Analyse de données NGS de bactériophages
• 2013 : Master Modélisation en Écologie – Université de Rennes 1

Compétences

• Analyses de données omiques
• Mise en place de pipeline snakemake
• Développement d’application R-Shiny

Publications

• Taxon Appearance From Extraction and Amplification Steps Demonstrates the Value of Multiple Controls in Tick Microbiota Analysis.  Lejal E, Estrada-Peña A, Marsot M, Cosson J-F, Rué O, Mariadassou M, Midoux C, Vayssier-Taussat M, Pollet T (2020). Frontiers in Microbiology, 11:1093. DOI: 10.3389/fmicb.2020.01093
• [PREPRINT] Integrating independent microbial studies to build predictive models of anaerobic digestion inhibition. Poirier S, Déjean S, Midoux C, Lê Cao K-A, Chapleur O (2020). bioRxiv, 2020.03.16.993220. DOI: 10.1101/2020.03.16.993220 
• Comparative metatranscriptomic analysis of anaerobic digesters treating anionic surfactant contaminated wastewater. Delforno T.P, Macedo T.Z, Midoux C, Lacerda Jr G.V, Rué O, Mariadassou M, Loux V, Varesche M.B.A, Bouchez T, Bize A, Oliveira V.M. (2019). Science of the Total Environment, 649:482-494. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2018.08.328
• [PREPRINT] Upscaling of Microbial Electrolysis Cell Integrating Microbial Electrosynthesis: Insights, Challenges and Perspectives. Tian J-H, Lacroix R, Desmond-Le Quéméner E, Bureau C, Midoux C, Bouchez T (2019). bioRxiv, 609909. DOI: 10.1101/609909
• Easy16S : a user-friendly Shiny interface for analysis and visualization of metagenomic data. Midoux C, Rué O, Chapleur O, Mariadassou M, Bouchez T, Loux V, Bize A. JOBIM 2018 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Juillet 2018, Marseille, France. hal-02737257
•  Investigation of a Large Collection of Pseudomonas aeruginosa Bacteriophages Collected from a Single Environmental Source in Abidjan, Côte d’Ivoire. Essoh C, Latino L, Midoux C, Blouin Y, Loukou G, Nguetta S-PA, Lathro S, Cablanmian A, Kouassi AK, Vergnaud G, Pourcel C (2015). PLoS ONE 10(6): e0130548. DOI: 10.1371/journal.pone.0130548

Autres activités

• Participation aux activités du CATI BOOM
• Enseignements à l’ENPC, AgroParisTech, DuBii, ENSTA Paris Tech