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Thématiques de recherche

• Méthanisation des déchets ligno-cellulosiques et des biodéchets, optimisation du procédé et limitation des inhibitions
• Etude des communautés microbiennes complexes à l’aide d’approches d’écologie moléculaire (méthodes omiques, marquage isotopique…)
• Etude des voies de biodégradation à l’aide d’approches de métabolomique non-ciblée
• Analyse statistique des données, intégration de données omiques, modélisation temporelle

Projets en cours et passés

• STABILICS - projet ANR (2019-2023) | Nouvelles perspectives dans les déterminants de la stabilité des bioprocédés anaérobies en couplant des approches multi-omiques et statistiques
• DIGESTOMIC - projet ANR (2016-2020) | Elaboration de nouvelles stratégies opératoires pour lever les verrous de la digestion anaérobie et élargir ses domaines d’application à l’aide d’approches méta-omiques
• FASIC PHC Project (2017-2018) | Novel statistical methods to improve waste degradation: merging advanced biotechnologies with forefront analytical tools, identification of biomarkers by integrating multiple-omics datasets 
• METHARESIST - projet EC2CO (2015-2016) | Approches méta-omiques pour établir des stratégies de résistance des digesteurs anaérobies aux micropolluants, cas du phénol

Parcours scientifique

• 2019 | Diplôme d’Habilitation à diriger des recherches en biologie, Université Paris-Saclay, France
• Mars - Mai 2019 | Chercheur invité auprès du Dr Lê Cao, Melbourne Integrative Genomics, University of Melbourne, Melbourne, Australia
• Aôut - Décembre 2017 | Chercheur invité auprès du Dr Lê Cao, Melbourne Integrative Genomics, University of Melbourne, Melbourne, Australia
• Février - Mai 2017 | Chercheur invité auprès du Dr Déjean, Institut de Mathématiques de Toulouse, Université Paul Sabatier, Toulouse, France
• 2012 | Diplôme de thèse de doctorat en sciences de l’environnement, AgroParisTech, France

Encadrement

Doctorant.e.s

• Laëtitia Cardona (2017-2020) | "Faire progresser les biotechnologies environnementales par le biais d'approches d'écologie moléculaire: de la description à la gestion" 
• Simon Poirier (2013-2016) | "Inhibitions de la digestion anaérobie : dynamique écologique, indicateurs microbiens et stratégies de résistance. Cas du phénol et de l’azote ammoniacal"

Post-doctorant

• Francesc Puig-Castellví (2018-2020) 

Autres

• Encadrement de 17 stagiaires de master, élèves d’écoles d’ingénieur ou doctorants étrangers lors de séjours au laboratoire

Enseignement

Master Degree ECOSEM Ecotechnologies for Sustainability and Environment Management, Ecole polytechnique

Sélection de publications

• Assessment of substrate biodegradability improvement in anaerobic Co-digestion using a chemometrics-based metabolomic approach. Puig-Castellví, F., Cardona, L., Jouan-Rimbaud Bouveresse, D., Cordella, C.B.Y., Mazéas, L., Rutledge, D.N., Chapleur, O. (2020). Chemosphere. 254:126812. DOI: 10.1016/j.chemosphere.2020.126812
• Assessment of the microbial interplay during anaerobic co-digestion of wastewater sludge using common components analysis. Puig-Castellví, F., Cardona, L., Jouan-Rimbaud Bouveresse, D., Cordella, C.B.Y., Mazéas, L., Rutledge, D.N., Chapleur, O. (2020). PLOS ONE, 15:e0232324. DOI: 10.1371/journal.pone.0232324
• Ecological consequences of abrupt temperature changes in anaerobic digesters. Madigou, C., Lê Cao, K.-A., Bureau, C., Mazéas, L., Déjean, S., Chapleur, O. (2019). Chemical Engineering Journal, 361:266-277. DOI: 10.1016/j.cej.2018.12.003
• A generic multivariate framework for the integration of microbiome longitudinal studies with other data types. Bodein, A.⁺, Chapleur, O.⁺, Droit, A., Lê Cao, K. (2019). Frontiers in Genetics. DOI: 10.3389/fgene.2019.00963
• Anaerobic digestion of biowaste under extreme ammonia concentration: Identification of key microbial phylotypes. Poirier, S., Desmond-Le Quéméner, E., Madigou, C., Bouchez, T., Chapleur, O. (2016). Bioresource Technology, 207:92-101. DOI: 10.1016/j.biortech.2016.01.124  
• Asymmetrical response of anaerobic digestion microbiota to temperature changes. Chapleur, O., Mazéas, L., Godon, J.J., Bouchez, T. (2016). Applied Microbiology and Biotechnology, 100:1445-1457. DOI: 10.1007/s00253-015-7046-7
• Co-inoculating ruminal content neither provides active hydrolytic microbes nor improves methanization of ¹³C-cellulose in batch digesters. Chapleur, O., Bize, A., Serain, T., Mazéas, L., Bouchez, T. (2014). FEMS Microbiology Ecology, 87: 616-629. DOI: 10.1111/1574-6941.12249