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VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

Vous serez accueilli(e) au sein de l’Unité de Recherche PROSE (PRocédés biOtechnologiques au Service de l’Environnement) située à Antony (92) (/). PROSE est une unité de recherche INRAE intégrée à l’Université Paris-Saclay. Composée d’une trentaine de personnes (21 permanents), PROSE est une unité multidisciplinaire qui mène des recherches sur les biotechnologies environnementales (stations de traitement et de valorisation des eaux usées, digesteurs anaérobies, procédés bioélectrochimiques pour la bioraffinerie environnementale…), depuis l’échelle des communautés microbiennes jusqu’à celle des procédés, en articulation avec les grands enjeux sociétaux de développement durable, d’économie circulaire et de bioéconomie.

PROSE développe DeepOmics depuis plus de 4 ans. Il s’agit d’un système d’information (SI), intégrant un entrepôt de données méta-omiques (ex : séquençage haut-débit). Ces données sont issues de procédés de biotechnologies environnementales (réacteurs de laboratoires et installations industrielles). DeepOmics vise d’une part à encourager les bonnes pratiques en matière de gestion et partage des données (FAIR data). D’autre part, son objectif est de permettre de croiser les données métier (paramètres de conception des procédés, paramètres opératoires et mesures physico-chimiques) et les données méta-omiques. Il permettra la fouille de données, facilitant par exemple la mise en œuvre de méta-analyses biostatistiques pour l’élaboration de biomarqueurs de monitoring, et favorisant ainsi les retombées applicatives et l’innovation.
En phase de pré-production, DeepOmics contient déjà des données issues de plusieurs séries d’expériences récentes menées dans le cadre de projets de recherche. Pour passer en production, il reste à développer quelques fonctionnalités clés, en particulier un module convivial d’interrogation de ces données.

De façon générale, vous aurez pour mission de réaliser ce moteur de recherche et de participer aux différentes évolutions fonctionnelles de DeepOmics, telles que l’interopérabilité avec des logiciels ou SI complémentaires.
Votre encadrement fonctionnel sera assuré par l’unité PROSE. Vous y interagirez plus particulièrement avec la chercheuse qui coordonne le projet. Un ingénieur en bioinformatique et une ingénieure en biostatistiques, qui possède également de solides compétences en informatique, sont également membres de PROSE.
Votre encadrement technique sera assuré par la DSI d’INRAE, localisée à Lyon, qui assure cette responsabilité depuis le début du développement de DeepOmics.

Enfin, vous aurez également des interactions avec l’unité INRAE Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement (LBE), située à Narbonne (https://www6.montpellier.inrae.fr/narbonne), afin d’assurer l’interopérabilité entre des logiciels et une ontologie de bioraffinerie environnementale développés au LBE, et DeepOmics.

Vous serez plus particulièrement en charge de

• contribuer à l'activité de gestion de projet (estimer, planifier, suivre),
• réaliser tout ou partie du développement logiciel,
• modéliser, concevoir et/ou paramétrer tout ou partie de la solution logicielle,
• assembler les composants logiciels, intégrer et paramétrer les progiciels utilisés,
• participer à la rédaction de la documentation (développeur et exploitation),
• élaborer les jeux d’essais, d’intégration et de résistance à la charge,
• rédiger le cahier de recettes de l’application,
• participer au déploiement de l’application (installation, assistance, formation), à la maintenance corrective et évolutive,
• travailler en équipe de projet et participer à l’animation de l’équipe de réalisation.

Actuellement, les développements sont principalement réalisés en PHP dans le framework Symfony (système de gestion de bases de données relationnelles PostgreSQL) ainsi qu’AngularJS côté client, et parfois en R et Shiny. La gestion du projet et du code sont essentiellement menées sous Gitlab. Docker est utilisé pour émuler un serveur de production sur le poste du développeur, qui requiert un système d’exploitation Linux. Pour assurer la qualité du code, des outils de vérification de code sont utilisés en intégration continue sur la forge, en complément de l’utilisation d’un IDE avancé (PhpStorm).

Conditions particulières d’activité

Plusieurs déplacements à Lyon et Narbonne sont prévus dans le cadre de vos missions. Chaque déplacement aura une durée totale de l’ordre de quelques jours à une semaine. Un total d’environ 3 à 6 déplacements sont à prévoir sur la durée du contrat.

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS

• Formation recommandée : bac + 5 minimum obtenu dans une filière informatique.
• Connaissances souhaitées :
  • Vous avez des connaissances approfondies de langages de programmation, ainsi que des connaissances des techniques de développement d’applications client léger (web) et des bases de données. Vous connaissez également une méthode d’analyse de besoin, de spécification et de conception. Vous possédez de solides connaissances sur les systèmes d’information (développement full stack avec API REST).
  • Des notions scientifiques de base (biologie, physico-chimie) ou des notions sur le séquençage haut-débit et les bases de données biologiques seront appréciées.
• Expérience appréciée : une expérience de 2 à 3 ans comme développeur informatique est un plus.
• Aptitudes recherchées :
  • Des compétences en langage PHP, JavaScript, ou R et la connaissance d’un framework de développement de type Symfony, AngularJS, seront très appréciées.
  • Anglais: niveau courant d'anglais lu (lecture technique).

VOTRE QUALITE DE VIE À INRAE

En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :

• jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d'activités sportives et culturelles ;
• d'une restauration collective.